区别如下：

1、植物学特征：黑骨茶属于茶科，是一种常绿灌木或小乔木。树皮为灰黑色，叶片呈椭圆形或倒卵形，表面光滑，背面有短柔毛，花为淡黄色或淡绿色。小叶紫檀属于豆科，是一种常绿小乔木或灌木。树皮为深灰色或褐色，叶片呈椭圆形或卵形，表面粗糙，背面无毛，花同样为淡黄色或淡绿色。

2、生长环境：黑骨茶喜欢温暖湿润的环境，适应生长在肥沃、排水良好的酸性土壤中。小叶紫檀喜欢阳光充足的环境，适应生长在干燥、排水良好的沙质土壤中。

3、用途及价值：黑骨茶主要用于制作茶叶和盆景，也用于制作小型家具和工艺品，其茶叶具有清热解毒、消肿止痛等功效。它的种植面积广泛，产量较高，因此价格相对亲民。小叶紫檀则主要用于制作高档家具、工艺品、佛像、乐器、钟表等，其木材具有质地坚硬、纹理美观、密度高、耐久性强等特点。它的种植面积有限，产量较低，因此价格相对较高。